بله. بدون هیچ مشکلی شما می تواید فایل های رمزگذاری شده و رمزگذاری نشده را با هم مخلوط کنید. بنابراین ممکن است در برنامه شما فایل های رمزگذاری شده توسط فایل های رمزگذاری نشده فراخوانی شوند یا بلعکس. هیچ مشکلی با ساختن کلاس های PHP در فایل هایی دیگری که رمزگذاری شده اند یا داشتن کلاس هایی که از فایل های کد باز مشتق شده اند وجود ندارد.
همچنین سورس گاردین یک گزینه ویژه با عنوان " کدها فقط با فایل های رمزگذاری شده دیگر کار کنند. " دارد که در قسمت LOCK نرم افزار موجود می باشد.وقتی این گزینه را فعال کنید ، سورس گاردین برای امنیت بیشتر مخلوط کردن فایل های رمزگذاری شده و رمزگذاری نشده را محدود می کند. این گزینه به صورت پیشفرض خاموش است اما اگر می خواید در پروژه ی خود فقط از فایل های رمزگذاری شده استفاده کنید می توانید آن را فعال کنید.